北京基因组所开发完成核小体定位数据库
近日，中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发了国际上第一个全基因组核小体定位图谱数据库——NucMap（Nucleosome positioning map）。该数据库在研究所高性能盘算平台和大数据存储平台的支撑下，基于人工审编整合了大宗全基因组核小体测序数据，识别多物种差别条件下的核小体定位图谱，并提供相关的RNA-seq、DNA甲基化、组卵白修饰、转录因子 ChIP-seq数据信息。研究结果以“NucMap: a database of genome-wide nucleosome positioning map across species”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线宣布。
核小体是真核生物中DNA包装的基本单位，由一段围绕八个组卵白焦点序列纠葛的DNA组成。已有研究发明核小体在染色体上并非均匀漫衍。核小体位置会影响转录起始和延伸，进而通过控制转录因子结合位点的活性来影响基因活性。随着近年来关于核小体定位研究的不绝增加，在差别物种中产出了大宗的全基因组核小体测序数据，然而，目前世界规模内仍缺少一个全面有效的核小体定位图谱资源平台。NucMap数据库的开发完成，填补了这一空白。
NucMap整合从酵母到人类的15个物种的477个样本中798个全基因组核小体测序数据，包括搜索、浏览、剖析和下载等主要功效� ？�。数据库提供的样本搜索功效资助用户查找特定的样本并检察样本的Meta信息及相关的其他组学数据信息，基因搜索功效则有助于用户检察指定基因相关的核小体定位信息。NucMap整合JBrowser浏览器，资助用户快速浏览样本的核小体定位图谱和上传其他相关组学数据进行多组学图谱比较。数据库中的剖析� ？槟芄欢院诵√宥ㄎ荒Ｊ浇腥制饰�，绘制核小体占据谱。NucMap提供所有数据的直接下载。
NucMap是跨物种核小体定位数据的第一个开放资源平台。作为大数据中心的重要数据库资源之一，NucMap将不绝收集和整合已宣布的核小体定位数据。为深入了解染色质生物学特征，未来NucMap将与MethBank，Cistrome和ENCODE等其他公共表观基因组学数据库兼容�；诙钥缱檠莸淖酆掀饰�，有助于生物学家了解染色质调控的更多信息。
该研究获得了国家重点研发项目、国家发改委项目、国家自然科学基金等基金的资助。
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